Szkolenia Microbial Genomics w Białystok

Genomika mikrobiologiczna i metagenomika łączą technologie sekwencjonowania i analizę obliczeniową w celu profilowania społeczności mikrobiologicznych, charakteryzacji genomów oraz wykrywania cech funkcjonalnych, takich jak oporność na antybiotyki.

Ten prowadzony przez instruktora, żywy trening (online lub na miejscu) jest skierowany do badaczy i bioinformatyków na poziomie początkującym i średnio zaawansowanym, którzy chcą przeprowadzić praktyczną analizę danych z sekwencjonowania genomiki mikrobiologicznej i metagenomiki.

Po zakończeniu szkolenia uczestnicy będą mogli:

• Opisać typowe przepływy pracy sekwencjonowania i kluczowe formaty plików używane w genomice mikrobiologicznej.
• Przeprowadzić kontrolę jakości i wstępne przetwarzanie surowych odczytów NGS.
• Wykonać profilowanie taksonomiczne przy użyciu metod opartych na markerach i k-merach.
• Złożyć i opisać genomy mikrobiologiczne oraz plazmidy.
• Wykryć SNP, zbudować filogenie i interpretować strukturę populacji.
• Przewidzieć geny oporności na antybiotyki i podsumować profile funkcjonalne.
• Wykorzystać powtarzalne przepływy pracy z Conda, Docker i raportami opartymi na notatnikach.

Format Kursu

• Wykłady wprowadzające koncepcje i narzędzia (20%).
• Praktyczne sesje z wykorzystaniem przykładowych zbiorów danych (60%).
• Otwarte dyskusje i kierowana analiza, aby uczestnicy mogli zastosować metody do swoich danych (20%).

Opcje Dostosowania Kursu

• Aby zamówić dostosowany warsztat skupiający się na metagenomice klinicznej, środowiskowej lub przemysłowej, prosimy o kontakt w celu ustalenia szczegółów.