Szkolenia Microbial Genomics w Polsce

Genomika mikrobiologiczna i metagenomika łączą technologie sekwencjonowania i analizy komputerowej w celu profilowania społeczności mikrobiologicznych, charakteryzowania genomów oraz wykrywania funkcjonalnych cech, takich jak oporność na antybiotyki.

Ten szkolenie prowadzone przez instruktora (online lub na miejscu) jest skierowane do badaczy i bioinformatyków na poziomie początkowym do średniozaawansowanym, którzy chcą wykonać analizę ręczną danych sekwencjonowania genomiki mikrobiologicznej i metagenomiki.

Na zakończenie tego szkolenia uczestnicy będą w stanie:

• Opisać typowe przepływy sekwencjonowania i kluczowe formaty plików używane w genomice mikrobiologicznej.
• Wykonać kontrolę jakości i przetworzenie surowych czytaniach NGS.
• Wykonują profilowanie taksonomiczne za pomocą metod opartych na markerach i k-merach.
• Zmontować i zannotować genomy mikroorganizmów i plazmidy.
• Wykrywać SNPs, budować filogenezy i interpretować strukturę populacyjną.
• Prognozować geny oporności na antybiotyki i podsumowywać profile funkcjonalne.
• Używać powtarzalnych przepływów z Conda, Docker i raportami opartymi na notatnikach.

Format kursu

• Wykłady wprowadzające koncepcje i narzędzia (20%).
• Sesje praktyczne z wykorzystaniem przykładowych zestawów danych (60%).
• Otwarte dyskusje i prowadzone analizy, aby uczestnicy mogli zastosować metody do swoich danych (20%).

Opcje dostosowania kursu

• Aby zażądać dostosowanego warsztatu skupionego na klinicznej, środowiskowej lub przemysłowej metagenomice, prosimy o kontakt w celu umówienia.