Sekwencjonowanie i Testy Genetyczne - Plan Szkolenia

To praktyczne warsztaty, które wprowadzą w podstawy bioinformatyki. Są one skierowane do osób z podstawową wiedzą biologiczną i znajomością biologii molekularnej, które chcą nauczyć się przetwarzania i pracy z danymi biologicznymi przy użyciu narzędzi obliczeniowych. Warsztaty zostały zaprojektowane szczególnie dla:

• Badaczy pracujących w laboratoriach eksperymentalnych nad makromolekułami biologicznymi, takimi jak białka, RNA i DNA.
• Naukowców, których główna dziedzina nie jest biologią, ale muszą radzić sobie z danymi biologicznymi.
• Menadżerów wprowadzających nowe produkty (np. leki), którzy chcą poszerzyć swoją wiedzę na temat współczesnej bioinformatyki.
• Programistów komputerowych, którzy zamierzają pisać programy związane z molekułami biologicznymi.

Kurs podzielony jest na dwie części: teoretyczną i praktyczną. Wykład przeplatany jest prostymi ćwiczeniami praktycznymi, quizami i testami, aby upewnić się, że uczestnicy rozumieją omawiane koncepcje.

Podczas szkolenia poprowadzimy Cię przez wycieczkę, która obejmuje wszystkie podstawowe aspekty analizy danych biologicznych. Te warsztaty to idealna okazja, aby zapoznać się z bioinformatyką i jej różnymi obliczami! Na koniec powinieneś być w stanie poradzić sobie z każdym podstawowym problemem bioinformatycznym: będziesz wiedzieć, skąd pobrać potrzebne dane, jak uzyskać istotne informacje oraz jak działają podstawowe oprogramowania i algorytmy. Naszym celem jest ułatwienie zrozumienia danych biologicznych.

Pod koniec kursu będziesz mógł pracować z danymi biologicznymi przy użyciu narzędzi bioinformatycznych.

Dobra Praktyka Kliniczna (GCP) to zbiór wytycznych dotyczących badań klinicznych prowadzonych na ludziach. GCP stanowi międzynarodowy standard projektowania, prowadzenia, monitorowania, dokumentowania, analizowania i raportowania badań klinicznych.

W tym szkoleniu prowadzonym przez instruktora, uczestnicy poznają najważniejsze wytyczne i podstawowe zasady stosowane w Dobrej Praktyce Klinicznej (GCP) w badaniach klinicznych i badaniach z udziałem ludzi. Kurs ten zapewnia przegląd różnych obszarów GCP, z nieco większym naciskiem na GCP oparte na ICH dotyczące badań nad lekami i produktami biologicznymi.

Po zakończeniu szkolenia uczestnicy będą mogli:

• Zrozumieć podstawowe zasady GCP dotyczące badań nad lekami i produktami biologicznymi, oparte na Międzynarodowej Konferencji Harmonizacji (ICH)
• Zastosować wytyczne określone przez GCP w swoich badaniach klinicznych i badaniach

Grupa docelowa

• Badacze kliniczni
• Profesjonaliści zajmujący się badaniami klinicznymi
• Specjaliści ds. zdrowia i medycyny
• Personel wspierający badania kliniczne
• Personel ds. badań i rozwoju

Format kursu

• Część wykładowa, część dyskusyjna, ćwiczenia i intensywna praktyka

Genomika mikrobiologiczna i metagenomika łączą technologie sekwencjonowania i analizy komputerowej w celu profilowania społeczności mikrobiologicznych, charakteryzowania genomów oraz wykrywania funkcjonalnych cech, takich jak oporność na antybiotyki.

Ten szkolenie prowadzone przez instruktora (online lub na miejscu) jest skierowane do badaczy i bioinformatyków na poziomie początkowym do średniozaawansowanym, którzy chcą wykonać analizę ręczną danych sekwencjonowania genomiki mikrobiologicznej i metagenomiki.

Na zakończenie tego szkolenia uczestnicy będą w stanie:

• Opisać typowe przepływy sekwencjonowania i kluczowe formaty plików używane w genomice mikrobiologicznej.
• Wykonać kontrolę jakości i przetworzenie surowych czytaniach NGS.
• Wykonują profilowanie taksonomiczne za pomocą metod opartych na markerach i k-merach.
• Zmontować i zannotować genomy mikroorganizmów i plazmidy.
• Wykrywać SNPs, budować filogenezy i interpretować strukturę populacyjną.
• Prognozować geny oporności na antybiotyki i podsumowywać profile funkcjonalne.
• Używać powtarzalnych przepływów z Conda, Docker i raportami opartymi na notatnikach.

Format kursu

• Wykłady wprowadzające koncepcje i narzędzia (20%).
• Sesje praktyczne z wykorzystaniem przykładowych zestawów danych (60%).
• Otwarte dyskusje i prowadzone analizy, aby uczestnicy mogli zastosować metody do swoich danych (20%).

Opcje dostosowania kursu

• Aby zażądać dostosowanego warsztatu skupionego na klinicznej, środowiskowej lub przemysłowej metagenomice, prosimy o kontakt w celu umówienia.

To szkolenie prowadzone przez instruktora, na żywo w Polsce (online lub na miejscu) jest skierowane do naukowców i wszystkich zainteresowanych poznaniem podstaw Nanonauki i jej zastosowań.

Po zakończeniu szkolenia uczestnicy będą mogli:

• Zrozumieć dziedzinę nanonauk i nanotechnologii.
• Rozróżnić obiekty w skali nano od tych w skali mikro.
• Poznać podstawową teorię transferu elektronów i energii.

Jest to praktyczny kurs, który pokazuje, dlaczego programowanie jest potężnym narzędziem w kontekście rozwiązywania problemów biologicznych. Podczas kursu uczestnicy będą uczyć się języka programowania Python, języka powszechnie uważanego zarówno za potężny, jak i łatwy w użyciu. Kurs ten można uznać za demonstrację tego, jak bioinformatyka poprawia życie biologów.

Kurs jest przeznaczony dla osób bez wykształcenia informatycznego, które chcą nauczyć się programować.

Ten kurs jest odpowiedni dla:

• Naukowców zajmujących się danymi biologicznymi.
• Naukowców, którzy chcieliby nauczyć się automatyzować codzienne zadania i analizować dane.
• Menedżerów, którzy chcą dowiedzieć się, w jaki sposób programowanie usprawnia przepływ pracy i prowadzenie projektów.

Pod koniec kursu uczestnicy będą mogli pisać krótkie programy, które pozwolą im manipulować, analizować i radzić sobie z danymi biologicznymi oraz prezentować wyniki w formacie graficznym.

Ten kurs ma na celu zapewnienie badaczom zrozumienia zasad projektowania statystycznego i analizy oraz ich znaczenia dla badań w różnych dziedzinach naukowych.

Omówimy niektóre zagadnienia prawdopodobieństwa i metod statystycznych, głównie za pomocą przykładów. Szkolenie zawiera około 30% wykładów i 70% przewodnich quizów i laboratoriów.

W przypadku zamkniętego kursu możemy dostosować przykłady i materiały do konkretnej dziedziny (np. testy psychologiczne, sektor publiczny, biologia, genetyka itp...).

W przypadku kursów otwartych używamy przykładów mieszanych.

Chociaż podczas tego kursu używa się różnych oprogramowań (od Microsoft Excel do SPSS, Statgraphics itp...), jego głównym celem jest zrozumienie zasad i procesów kierujących badaniami, rozumowaniem i wnioskowaniem.

Ten kurs można przeprowadzić jako kurs mieszany, czyli z pracą domową i zadaniami.