Fiji: Image Processing for Biotechnology and Toxicology - Plan Szkolenia

Wprowadzenie do Image Processing for Biotechnology and Toxicology oraz ImageJ

• Przegląd Image Processing for Biotechnology and Toxicology oraz jego zastosowań w badaniach naukowych
• Zrozumienie architektury ImageJ oraz wtyczek
• Instalowanie i konfigurowanie Image Processing for Biotechnology and Toxicology dla optymalnej wydajności

Podstawowe techniki przetwarzania obrazów

• Nabywanie obrazów i formaty importu
• Dostosowywanie kontrastu, jasności oraz zastosowanie filtrów
• Stosowanie zdjęć i metody projekcji

Zaawansowane przetwarzanie obrazów

• Techniki segmentacji: progowania oraz wykrywania krawędzi
• Liczenie obiektów i analiza cząstek w próbkach histologicznych
• Mierzenie powierzchni, obwodów oraz innych cech morfologicznych

Pracowanie z próbkami histologiczno-biologiczno-mikrobiologiczno-toksykologicznymi

• Przetwarzanie obrazów tkanek histologicznych, krwinek oraz glonów
• Dekonwolucja koloru i analiza barwionych tkanek
• Analiza sekwencji czasowych i śledzenie ruchu komórek

Automatyzacja i dostosowywanie

• Tworzenie i uruchamianie makr dla powtarzających się zadań
• Używanie wtyczek Image Processing for Biotechnology and Toxicology do specjalistycznych analiz
• Podstawowe skryptowanie za pomocą języka makr ImageJ (IJM)

Generowanie raportów i raportowanie

• Eksportowanie wyników i generowanie raportów
• Annotowanie obrazów oraz przygotowywanie danych do publikacji
• Najlepsze praktyki dotyczące powtarzalnego przetwarzania obrazów

Podsumowanie i następne kroki