Wprowadzenie do Genomiki i Metagenomiki Mikroorganizmów - Plan Szkolenia

Wprowadzenie do genomiki mikrobiologicznej

• Przegląd genomiki mikrobiologicznej i metagenomiki
• Technologie sekwencjonowania i typowe projekty badawcze
• Kluczowe formaty plików i organizacja danych

Kontrola jakości i przetwarzanie wstępne

• Ocena i przycinanie jakości czytania
• Usunięcie gospodarza i wykrywanie zanieczyszczeń
• Normalizacja czytania i uwagi dotyczące dalszego postępowania

Metody profilowania taksonomicznego

• Profilowanie oparte na markerach z użyciem MetaPhlAn
• Metody k-mer i klasyfikacji z użyciem Kraken2 i Bracken
• Porównywanie wyników profilowania i wizualizacja

Montaż metagenomu i binning (przegląd)

• Strategie montażu i użycie SPAdes
• Pojęcia binowania kontigów i popularne narzędzia (krótko)
• Ocena jakości i kompletności montażu

Annotacja genomów i MLST

• Annotowanie genomów z użyciem Prokka
• Wykonanie MLST i interpretacja typów sekwencji
• Generowanie raportów do udostępniania wyników

Wykrywanie SNP i filogenetyka

• Przepływy wywoływania SNP oparte na mapowaniu z użyciem Snippy
• Budowanie drzew filogenetycznych z użyciem IQ-TREE
• Wizualizacja i interpretacja drzew z użyciem iTOL

Oporność na antybiotyki i profilowanie funkcjonalne

• Wykrywanie genów AMR z użyciem AMRFinderPlus, CARD i ResFinder
• Profilowanie funkcjonalne i podsumowania ścieżek
• Raportowanie oporności i anotacji funkcjonalnych

Powtarzalne przepływy pracy i najlepsze praktyki

• Użycie Conda, Docker i szablonów przepływów pracy dla powtarzalności
• Zarządzanie danymi, standardy metadanych i zasady FAIR
• Skalowanie analiz z użyciem zasobów chmurowych i notebooków

Studia przypadków i praktyczne laboratoria

• Analiza amplikonów 16S/18S od surowych czytania do tabeli taksonomicznej
• Profilowanie metagenomu i porównywanie analizy między próbkami
• Montaż genomów, anotacja, filogenetyka SNP i raportowanie AMR

Podsumowanie i kolejne kroki