Wprowadzenie do Genomiki Mikrobiologicznej i Metagenomiki - Plan Szkolenia

Wprowadzenie do Genomiki Mikrobiologicznej

• Przegląd genomiki mikrobiologicznej i metagenomiki
• Technologie sekwencjonowania i typowe projekty badawcze
• Kluczowe formaty plików i organizacja danych

Kontrola Jakości i Wstępne Przetwarzanie

• Ocena jakości odczytów i ich przycinanie
• Usuwanie DNA gospodarza i wykrywanie zanieczyszczeń
• Normalizacja odczytów i rozważania dotyczące dalszej analizy

Metody Profilowania Taksonomicznego

• Profilowanie oparte na markerach z MetaPhlAn
• Metody k-merów i klasyfikacji z Kraken2 i Bracken
• Porównywanie wyników profilowania i wizualizacja

Asemblowanie i Binning Metagenomów (przegląd)

• Strategie asemblacji i użycie SPAdes
• Koncepcje binowania kontigów i popularne narzędzia (krótko)
• Ocena jakości i kompletności asemblacji

Anotacja Genomów i MLST

• Anotowanie genomów z Prokka
• Wykonywanie MLST i interpretacja typów sekwencji
• Generowanie raportów do udostępniania wyników

Wykrywanie SNP i Filogenetyka

• Przepływy pracy oparte na mapowaniu do wykrywania SNP z Snippy
• Budowanie drzew filogenetycznych z IQ-TREE
• Wizualizacja i interpretacja drzew z iTOL

Oporność na Antybiotyki i Profilowanie Funkcjonalne

• Wykrywanie genów oporności na antybiotyki z AMRFinderPlus, CARD i ResFinder
• Profilowanie funkcjonalne i podsumowanie szlaków metabolicznych
• Raportowanie oporności i anotacji funkcjonalnych

Powtarzalne Przepływy Pracy i Najlepsze Praktyki

• Wykorzystanie Conda, Docker i szablonów przepływów pracy dla powtarzalności
• Zarządzanie danymi, standardy metadanych i zasady FAIR
• Skalowanie analiz z wykorzystaniem zasobów chmurowych i notatników

Studia Przypadków i Praktyczne Ćwiczenia

• Analiza amplikonów 16S/18S od surowych odczytów do tabeli taksonomicznej
• Profilowanie metagenomiczne i analiza porównawcza między próbkami
• Asemblacja genomów, anotacja, filogenetyka SNP i raportowanie oporności na antybiotyki

Podsumowanie i Kolejne Kroki